В окончательной версии Crysis существенно «обрезан» сюжет. Так, в начале игры протагонист должен был находиться в тренировочном лагере, расположенном на военной базе США. Здесь он должен был встретиться с некоторыми членами отряда «Хищник», а также получить нанокостюм. После этого, согласно сюжету, следуют тренировки и учения: базовое ознакомление с нанокостюмом, огневая подготовка, рукопашный бой с применением возможностей нанокостюма, тактические боевые действия с использованием возможностей нанокостюма, а также уроки пилотирования на VTOL’е. Только после этого группа «Хищник» на самолёте вылетает к островам Лингшан.

В оружейном арсенале должен был быть ещё один тип патронов — тактические. Тактическими пулями протагонист должен был «помечать» врага, после чего месторасположение «помеченного» врага будет на мини-карте. Также эти пули могут усыплять и убивать врагов.